Il toponimo Senago e quello della vicina località Senaghino, avrebbero origine romana; secondo alcuni deriverebbero dal nome proprio Sennus o Acenna.

La zona, però, fu abitata dai Celti ben prima dell'arrivo dei Romani, e la loro presenza in questi luoghi è stata provata dai numerosi reperti archeologici ritrovati in tutto il territorio della provincia milanese.
Politicamente, il borgo ebbe negli anni le stesse sorti del feudo di Desio di cui faceva parte e che venne donato nel 1476 da Galeazzo Maria Sforza a Lucia Mariani.

In seguito passò a Tommaso Readino, ai Gallarati, al nobile Giovanni Manriquez e alla sua famiglia, cui appartenne dal 1580 al 1779, anno in cui l'investitura passò al marchese Pietro Secco Comneo.

Nel Seicento il cardinale Federico Borromeo rilevò una villa sul ciglio orientale dell'altopiano delle Groane e vi ospitò alcuni seminaristi e teologi durante l'epidemia di peste del 1630, per sottrarli al contagio. Il nobile prelato morì nel 1631, troppo presto perché venissero svolti restauri radicali.
Fu Gilberto IV Borromeo, divenuto in seguito vescovo di Novara e cardinale, a concepire la ristrutturazione della vecchia dimora patrizia.
Il progetto iniziale, affidato a Filippo Cagnola, prevedeva una sostanziale trasformazione dell'antica struttura in un palazzo monumentale, incentrato su un cortile aperto a settentrione.
Soltanto nel nostro secolo però, i lavori vennero ultimati, con l'intervento degli architetti milanesi Fausto e Giuseppe Bagatti Valsecchi.
Villa Borromeo è una grandiosa struttura che domina il paese, completata da uno splendido parco che si estende su una superficie di 110.000 mq. compreso tra i torrenti Garbogera e Cisnara, ed è ricco di olmi, cedri, faggi e magnolie.

Molte altre residenze signorili, dedicate allo svago e all'evasione dalla vita cittadina, sorsero nel XVII e XVIII secolo nei dintorni di Senago.
Col tempo tali dimore diventarono il fulcro di una riorganizzazione del paesaggio agrario in grandi aziende padronali.
Altre ville resistono ancora oggi all'usura del tempo:
- Villa Corbella-Martinelli-Sioli.
- Villa Po Degli Occhi, di costruzione settecentesca, conserva affreschi di gusto neoclassico nel corpo centrale. La dimora residenziale è dotata di una torre belvedere che si affaccia su un suggestivo parco. Attualmente sono in corso lavori di restauro.
- Villa Verzolo-Monzini, ora di proprietà comunale, fu fatta costruire dalla famiglia Monzini verso la metà del 1700. Inizialmente l’edificio svolgeva una funzione agricola. Solo verso il 1850, in vista delle nozze di un componente della famiglia, venne deciso di trasformare l’edificio in villa, realizzando quindi anche i soffitti affrescati che si possono ancora vedere. La villa, sede della biblioteca comunale, sorge all’interno di un parco all’inglese aperto al pubblico.
- Villa Ponti, in stile neogotico è circondata da un vasto parco, in mezzo al quale sopravvivono i ruderi di una torre di epoca viscontea.
Sono pressoché scomparse, invece, la Villa Merico-Merlo-Creppi di Belgioioso a Senaghino e la Villa Ongoni-Marietti a Traversagna, spazzate via dopo l'ultima guerra.

Il comune di Senago, parzialmente inserito nell'area del Parco delle Groane, caratterizzato da grandi aree boschive sottoposte a specifica tutela, possiede un territorio a destinazione prettamente agricola: cereali, gelsi e viti abbondano, specie lungo i torrenti che lo attraversano.
La natura argillosa del terreno, è alla base della caratteristica produzione di laterizi della zona.

Canale Villoresi
Eugenio Villoresi figlio di Luigi al quale fu dato l'incarico della realizzazione dei giardini del Parco della Villa Reale di Monza, si chiese perchè non venisse resa fertile e redditizia quella vasta distesa che si estende tra il torrente Lura e il Ticino e giunge fino alle radici delle Prealpi, visto che i terreni avevano una costituzione simile a quelli della media e bassa Lombardia: una delle terre più fertili del globo.
Dal 1860 cominciò a lavorare sull'idea di derivare acque irrigatorie dal Ticino con la costruzione di un canale Ticino-Parabiago-Milano, Parabiago-Monza, poi esteso sino all' Adda.
Fu questo canale a costituire l'opera maggiore della sua vita e quella che gli valse fama e onori non comuni.